Такой вот широкий вопрос, на самом деле многое хотелось бы уточнить.

1. Порядок выписки и снятия коммунальных платежей.

Идем в ЗАГС, меняем паспорт на св-во о смерти.
С этим свидетельством надо идти в ЖЭУ или сейчас они автоматически это делают на основании полученных из ЗАГСа списков и паспортов?
Или надо писать заявление в паспортный стол?

Вообще у нас имеется завязка ЖЭУ(дом. книга)+паспортный стол. Изменениями занимаются ЗАГСы. Если мы прописаны в квартире, информацию об это хранится в домовой книге, по ней ориентируются в паспортном столе, поэтому при смене паспорта мы берем там выписку из дом. книги (Ф16, если не ошибаюсь).
В "Инструкции о применении Правил регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации" (6.16) сказано:

Сообщение от :
Снятие с регистрационного учета умерших или объявленных решением суда умершими производится на основании поступивших в паспортно-визовую службу из загсов или органов местного самоуправления описей по форме N 27 (приложение 27) и паспортов умерших или объявленных умершими.

То есть в регистрационного учета в Отделе УФМС будет автоматически произведено снятие с учета, которое затронет и домовую книгу? Сколько времени это займет?

С какими документами надо снимать умершего с учета у "коммунальщиков"? Достаточно свидетельства о смерти или надо ждать выписки по инстанциям?

2. Наследование и мат. помощь.

У умершего (разведен) есть сын и жена, контакт с которыми был утерян после их переезда в другой город, поддерживать связь с ним они не пожелали.
Жил он после с матерью и сестрой, в их доме был прописан, квартира не приватизирована.

Какие претензии (наследование) в этой ситуации могут предъявить его жена и сын, если неожиданно все же объявятся? Фактически у него была только прописка в неприв. квартире и долги.
С кого будет требовать задолженность по кредиту банк, если кредит взят без поручителей? Что будет с его пенсией?

Будет ли мат. помощь родственникам, проводившим захоронение? Вроде слышал, что две суммы пенсии его будут выданы как мат. помощь...

Выписыватьумершено лучше лично. Ни каких "автоматов" в природе не существует. ЗАГСы пришлют сведения тогда, когда вспомнят. Да, должны, но....пока они это сделают коммуналка будет приходить.
Наследовать можно только то имущество, которое принадлежало на праве СОБСТВЕННОСТИ на момент смерти. Прописка в не приватизированной квартире не в счет.
Банк попал. Если кредит был на приобретение чего-либо, то это самое " что-либо" банк может забрать. Реализовать, а разницу вернуть. Но тут надо почитать кредитный договор.