Можно ли какой-нибудь дополнительной утилитой раскидать процесс, который занимает ровно 50% системы (двухпроцессорной) на все 100%, т.е. загрузить оба процессора по полной.

Например, кодирование видео занимает только 50% процессора, только одно ядро. [Ответ]

Наверное нет, прога должна разрабатываься с поддержкой многопоточности.
Для Video? если качество не очень важно можешь использовать последний DivX, он поддерживает многопоточность. Разработчики XviD тоже заявили что в след. версии будет поддержка. [Ответ]